Prestakuntza sailak dituen eginkizunen artean, esparru berean, hau da, irakasleen hobekuntza arloan lan egiten duten beste erakunde batzuekin (irabazi-asmorik ez dutenak) lankidetza hitzarmen sinatzea ere badago.
Horretarako, protokolo bat proposatzen da, bai lankidetza-erakundeekin hitzarmenak sinatzeko, baita ere erakunde hauek irakasle-prestakuntzaren inguruan urteko proposamenak luza ditzaten, Hezkuntza departamentuak aurrexeago homologatu ahal izateko. Ikusi honako eranskin hauek:
* 
Procedimiento homologación 2018 definitivo
Egun, prestakuntza jarduerak antolatzeko Hezkuntza departamentuarekin hurrengo lankidetza-erakundeek dute sinatuta lan-hitzarmena:
- FETE-UGT
- FUNDACIÓN ARISTA
- COMISIONES OBRERAS
- USO
- APS
- FUNDACIÓN NAVARRA PARA LA EXCELENCIA
- ASOCIACIÓN XILEMA
- UNIVERSIDAD VASCA DE VERANO
- ASOCIACIÓN TDHA SARASATE.
- FEDERACIÓN DE IKASTOLAS DE NAVARRA
- TELÉFONO DE LA ESPERANZA
- EDUCAIXA
- VIC-EUS-FUNDACIÓN CURSOS DE VERANO DE LA UPV-EHU
- AYUNTAMIENTO DE AZAGRA
- AYUNTAMIENTO DE PAMPLONA
- AYUNTAMIENTO DE HUARTE